La Guerra Yuuzhan Vong, también llamada la Invasión Yuuzhan Vong, fue un conflicto a escala galáctica que inició en el 25 DBY cuando los invasores extra-galácticos yuuzhan vong atacaron varios planetas en el Borde Exterior de la Galaxia. Debido a que la invasión había sido planeada con anterioridad, muchos agentes yuuzhan vong habían obtenido información sobre las especies y culturas nativas de la Galaxia, situación que les permitió obtener numerosas victorias, a menudo estimulando viejas rivalidades locales para facilitar la conquista de diversos mundos.
Los yuuzhan vong creían que sus dioses les habían dado la Galaxia para que sirviera como su nuevo hogar, y para ello tenían que limpiarla de sus especies nativas, a quienes ellos llamaban "infieles". La Nueva República no estaba preparada para lidiar con una invasión de tal magnitud, y durante los primeros meses se mantuvo a la defensiva, con lo que los invasores pronto se hicieron de un Imperio con cientos de planetas. Después de que los yuuzhan vong conquistaron la capital galáctica Coruscant, la Nueva República se fragmentó.
Sin embargo, después de una batalla decisiva en la que gran parte de la flota yuuzhan vong fue destruida, se creó la Federación Galáctica de Alianzas Libres, a la que en poco tiempo se unieron el Remanente Imperial, el Consorcio de Hapes y (de manera informal) el Espacio Hutt y la Ascendencia Chiss. Finalmente, la Alianza Galáctica derrotó a los yuuzhan vong en la reconquista de Coruscant. Después de los acuerdos de paz, los yuuzhan vong fueron exiliados al planeta viviente Zonama Sekot, que fue revelado como el vástago de Yuuzhan'tar, el planeta natal de los yuuzhan vong.