- «La situación aquí no es lo que parece. Hay algo más detrás de todo esto, Su Alteza. No hay lógica en el movimiento de la Federación. Mis sentimientos me dicen que la destruirán.»
- ―Maestro Jedi Qui-Gon Jinn
La Invasión de Naboo, también conocida como la Crisis de Naboo, fue un conflicto galáctico fundamental que tuvo lugar en el 32 ABY, diez años antes de las Guerras Clon, que sentó las bases para la guerra misma. Durante la invasión, la ciudad capital de Naboo y las regiones circundantes fueron ocupadas por el ejército de droides de batalla de la Federación de Comercio. La Federación estaba secretamente aliada con los Sith, liderados por el Lord Sith Darth Sidious, quien era el Senador de Naboo, Sheev Palpatine. El Señor Oscuro intentó usar la crisis como un pretexto para destituir al Canciller Supremo de la República Galáctica, Finis Valorum, de su cargo y hacer que él mismo fuese elegido en su lugar como Palpatine.
Durante el bloqueo inicial, Valorum envió a dos Jedi, Qui-Gon Jinn y Obi-Wan Kenobi, a negociar con la Federación, pero Sidious ordenó que fueran asesinados y que la Federación desplegara sus fuerzas en Naboo. Los Jedi escaparon y rescataron a la Reina Padmé Amidala, abriéndose camino hasta llegar al planeta Tatooine, que estaba controlado por el Clan Hutt, en busca de refugio después de que su nave se dañara al escapar del bloqueo. Allí, Jinn descubrió a un joven esclavo llamado Anakin Skywalker, el Elegido destinado a traer el equilibrio a la Fuerza.
El grupo reparó su nave dañado y se dirigió al mundo capital de la República, Coruscant, donde Amidala pidió ayuda ante el Senado Galáctico. La burocracia de la República no pudo ayudar a Amidala, quien pidió un voto de desconfianza en el Canciller Valorum, lo que llevó a una elección en la que Palpatine era favorito para ganar. Sabiendo que no encontraría ayuda en Coruscant, Amidala regresó a Naboo con los Jedi, planeando derrotar a la Federación por su cuenta.
A su regreso, Amidala se reunió y forjó una alianza con los Gungans que vivían en los océanos de Naboo, y los Gungans acordaron unirse a la lucha contra la Federación. En la batalla final, el ejército Gungan se enfrentó al ejército de la Federación como una distracción; un ala de cazas estelares atacó a la nave de control de droides en órbita; y Amidala y los Jedi se infiltraron en el palacio para capturar a Nute Gunray, el Virrey de la Federación. Al final de la batalla, Skywalker había destruido la nave de control de la Federación, los Gungans habían sido victoriosos, Gunray había sido capturado y el Lord Sith Darth Maul había sido derrotado, a costa de la vida de Jinn.
La crisis finalmente le permitió a Palpatine alcanzar sus metas; con un fuerte voto de simpatía, Palpatine fue elegido Canciller Supremo. Durante los siguientes diez años, impulsó su plan Sith para apoderarse de la República y destruir a los Jedi, iniciando las Guerras Clon que le permitirían formar un Imperio Galáctico y destruir la Orden Jedi.