El complejo en sí consistió en simulaciones de campos de batalla. Mediante el uso de placas de piso repulsores ajustables y de los generadores de atmósfera, el complejo podía fácilmente simular una variedad de entornos y terrenos. También fue capaz de crear estadios para la demostración de habilidades de combate.[1] El reto fue nombrado después de la mortal prisiónconfederada, la Ciudadela.[2]
Alrededor del 21 ABY,[3] la General Jedi Shaak Ti fue enviada a Kamino para supervisar el entrenamiento de los soldados clon. El desafío de la Ciudadela fue creado para poner a prueba a los escuadrones de cadetes clon para ver si los clones estaban listos para ser enviados a la batalla.[1]
Algunos escuadrones, como el Escuadrón Bravo, destacaron en el desafío. Pero otros, como el Escuadrón Dominó, no fueron tan afortunados. Al ser incapaces de trabajar juntos como un equipo, el equipo seguía sin poder superar la prueba. Sin embargo, después de superar sus diferencias, los miembros del Escuadrón Dominó fueron capaces de superar el desafío de la Ciudadela y aprobar el examen final.[1]